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全国統一凡例（基本版）は，100万分の１日本地質図第3版（地質調査所，1992）の凡例に準じましたが，次の13点について変更を行いました．

1. 白亜紀後期の非海成堆積岩類を新たに加えた．
2. シルル紀の堆積岩類を新たに加えた．
3. 漸新世～中新世及び白亜紀前期の付加コンプレックス深成岩類を新たに加えた．
4. 完新世火山岩類に降下テフラを新たに加えた．
5. 始新世～中新世前期及び中新世後期～更新世の貫入岩（珪長質非アルカリ火山岩類）を新たに加えた．
6. 中新世中期の火砕流（非アルカリ火山岩類）を新たに加えた．
7. 更新世前期～中期の珪長質アルカリ火山岩類を新たに加えた．
8. 三畳紀後期および更新世前期～後期の珪長質深成岩類を新たに加えた．
9. 二畳紀の苦鉄質深成岩類を新たに加えた．
10. ミグマタイト類（深成岩類）の時代幅を広げた．
11. 更新世堆積岩類の一部を段丘（低位・中位・高位段丘）区分した．
12. 完新世堆積物の一部を砂丘堆積物と湿原堆積物に分けた．
13. 後期更新世～完新世の火山岩類を後期更新世のものと完新世のものとに分けた．

以上の変更により，全国統一凡例の数は全部で194となりました．

さらに詳細版では，オリジナルの20万分の１地質図幅が持つより詳細な情報を表現できるように凡例を細分化し，凡例数は386となりました．

ただし，定義したすべての凡例が実際に使われているわけではありません．地質学の進歩に伴って解釈が変わって使われれなくなったものや，将来の改定時に使われることを想定して設けられているものもあります．現在使われていない凡例については、以下のリストにてご確認ください．