歴史時代の噴火記録は、小山（2007）により信頼性が高いとされた10回の噴火のみを採録した。このうち、青木ヶ原溶岩流を流出した貞観噴火（864-866年）、プリニー式噴火で大量の降下物を放出した宝永噴火（1707年）のみが、対応する噴火噴出物が確実に特定されている。それ以外については下記の可能性などが考えられているが、定説ではない。
鷹丸尾溶岩流は、高田ほか（2016、富士火山地質図第２版）は延暦噴火（800-802年）に対比したが、山元ほか（2020、地調研報）は承平噴火（937年）に修正した。また、剣丸尾第1溶岩流をAD937年噴火の可能性が高いとしていたが、これを山元ほか（2020、地調研報）ではAD 999、AD 1033、AD1083年の噴火のいずれかの産物である可能性が大きい、と変更した。そのほか（小山（2007）によれば9世紀から15世紀にかけての間に信頼性の低い6件の噴火記録がある。

紀元前300年頃から続いた100年間に平均2, 3回の頻度で発生していた溶岩流出を伴う噴火活動は、西暦1200年頃以降は明らかに低下した。その後の休止期を挟んだ1707年の爆発的噴火は、それ以前の活動とは明瞭に異なる噴火様式である（富士火山地質図第２版）。

従来、宝永山は宝永噴火（1707年）の際に隆起した古い山体であると考えられてきたが、馬場ほか（2022、火山）により、宝永山は宝永噴火噴出物により構成され、噴火後に変質・変形した火砕丘であることが示された。

1707年の宝永噴火までは山頂火口から“噴煙”。その後は山頂火口内での噴気のみ。1854年の安政東海地震を境に山頂火口における噴気・地熱活動は終息し、山頂南東部（荒巻付近）に移った（野津ほか、2011、富士火山）。S. Gottsche (1883) には「山頂火口縁東側にごくわずかの水蒸気を吹き出す一列の噴気孔がある」との記述がある（山田･矢島、2013、GSJ地質ニュース）。